Создано первое интерактивное Древо Жизни

Французский эволюционный биолог Дамьен де Вьен (Damien M. de Vienne) из Лионского университета создал Lifemap — не имеющую аналогов интерактивную карту всех известных видов живых существ на Земле, существующих и вымерших.

Пользоваться ей может любой желающий.

На данный момент содержится информация о 802 639 (в версии для широкой аудитории) видах, существующих и вымерших.

Lifemap состоит из трех основных групп (доменов), выделение которых предположил в 1990 году основатель молекулярной филогенетики Карл Вёзе. Первый домен — археи, одноклеточные организмы, не имеющие ни ядра, ни других органелл: в Древе сейчас есть 3733 вида архей. Вторая — бактерии (277 426 видов), третья — эукариоты, то есть организмы, в клетках которых есть ядро (521480 видов на сегодняшний день в Lifemap general public). К таким относится множество живых существ от мухомора до человека.

На все узлы древа можно нажать, чтобы получить подробную информацию о таксоне или виде. В строку поиска можно вводить английское или латинское название вида или другого таксона. С помощью команды View full ancestry можно проследить эволюционную историю выбранного вида, а заполнив вторую поисковую строку, можно найти ближайшего общего предка любых двух видов, относящихся к одному домену. При этом система выдает полный кликабельный список всех предков обоих видов вплоть до ближайшего общего.

Сейчас Tree of Life существует в трех вариантах, в которых различаются и само древо, и количество и источники сопроводительной информации. Версия для широкой аудитории (Lifemap general public) включает возможность добавлять в описания видов изображения и ссылки на статьи в Википедии, а если соответсвующей статьи нет, пользователю предлагается ее создать.

Версия Lifemap NCBI содержит всю таксономию по данным NCBI и обновляется раз в неделю. Кликнув на нужный узел древа, пользователь получает дополнительные сведения о количестве видов в таксоне, ссылку на веб-страницу NCBI с описанием таксона и возможность скачать соответствующий участок древа. При желании в этой версии можно создать дополнительный слой и в нем показать все виды указанного таксона, геном которых уже секвенирован.

Третья версия называется Lifemap OTOL (Open Tree of Life). В нем пользователь увидит филогенетическое древо согласно OTOL, о которой рассказывалось выше.

Подробное описание Lifemap опубликовано в журнале PLOS Biology.