Регуляция морфогенеза сложна. Основную роль играют сигнальные вещества, выделяемые клетками развивающегося зародыша. Прежде всего это клетки организатора — участка ткани, регулирующего развитие определенной структуры. Например, организатор может выделять вещество, побуждающее клетки к делению. С удалением организатора концентрация этого вещества падает, и ниже определенного порога деление прекращается.
Два расположенных на расстоянии друг от друга организатора могут выделять разные сигнальные вещества (часто с противоположным действием), и поведение клеток в конкретной точке зависит от соотношения концентрации этих веществ. Нередко разные участки зародыша взаимно влияют друг на друга. Например, один участок выделяет сигналы к делению, но клетки, которые рядом образуются, выделяют вещество, ослабляющее этот сигнал. Когда их становится много, дальнейшее размножение прекращается.
Варьируя взаимное расположение источников сигналов, набор сигнальных веществ и интенсивность их синтеза, уже сейчас удается получить из аморфной массы одинаковых клеток довольно сложные структуры (например, кисть с пальцами). Однако до полной расшифровки механизмов морфогенеза еще далеко.
