Чистая вода выглядит голубоватой, но органические и реже неорганические примеси могут менять цвет морской воды. Многие одноклеточные водоросли выделяют вещества, молекулы которых содержат хромофоры — группы атомов, избирательно поглощающие и рассеивающие те или иные цвета.
На жизненный цикл источников хромофоров сильно влияют даже небольшие вариации температуры и солености воды из-за течений, рельефа дна, присутствия питательных веществ. Также реки выносят в море воду, окрашенную взвешенными частицами глины и органики.
