Ядро атома водорода — это один протон, состоящий из трех кварков. В обычных условиях кварки нельзя изолировать друг от друга, и плазма из свободных кварков существует только при температуре свыше 100 млрд градусов. Такая температура была во Вселенной лишь в первую микросекунду после ее возникновения. Затем из-за расширения она охладилась, кварки соединились в протоны и нейтроны, и с этого момента во Вселенной существует водород.
Позднее (от 1 до 100 секунд после Большого взрыва) четверть протонов и нейтронов успела соединиться в ядра гелия. Дальнейшее снижение температуры остановило ядерные реакции, и они возобновились уже только внутри звезд, где образовались атомы остальных элементов. А исходным материалом для них послужили водород и гелий.