Для экстрагирования кофеина используют либо органические растворители, либо сжатый углекислый газ, либо просто горячую воду. В последнем случае из зерен в раствор переходят не только кофеин, но и ароматические вещества. Воду фильтруют, удаляя кофеин, и замачивают в ней же новую партию зерен. Поскольку вода уже была насыщена ароматическими веществами, то из новой партии зерен она извлекает только кофеин и ничего более.
