При изготовлении разных сыров используются разные виды бактерий. При производстве швейцарского эмменталя, например, бактерии Streptococcus thermophilus и Lactobacillus helveticus вырабатывают молочную кислоту, которую затем сбраживают бактерии рода Propionibacterium.
В итоге образуется ряд веществ, придающих эмменталю «ореховый» привкус, а в качестве побочного продукта производится углекислый газ. Пузыри углекислого газа и образуют те пустоты в толще сыра, которые на срезе выглядят как дырки.